Çözümü şu; normalde bizim pakete eklediğimiz ve bu düzeltmeyi yapan bir şey var. İlk defa kurarken bizim paketlememizi (http://www.cmsturk.net/forum/showthread.php?t=15112) kullanırsanız herhangi bir sorun yaşamıyorsunuz. Ancak böyle yapmadıysanız daha sonradan Türkçe Rumuz uygulama ekini kurabilirsiniz. Şuradan indirebilirsiniz:
http://www.cmsturk.net/forum/showthread.php?t=18864

Türkçe Uygulama ekini kurduktan sonra Uygulama Eki Yöneticisi altından etkinleştirmeniz gerekir. Herhangi bir ayarı yoktur. Etkinleştirdikten sonra eklenen tüm menü, içerik, iletişim gibi rumuz alanına sahip öğelerin bu alanı doğru şekilde oluşturulur. Adres de bildiğiniz gibi rumuzlardan gelmektedir. Ancak geriye dönük çalışmaz.

Eğer sitenizi kuralı çok olduysa ve dolayısıyla geriye dönük adresleri oluşturan rumuzları elle tek te düzeltmek mümkün değilse şunu öneririm:
http://www.cmsturk.net/forum/showthread.php?p=234321

Konusunda anlattığım şekilde kullandığınızda sistemdeki tüm rumuz alanlarını boşaltarak yeniden Türkçe karakterlerin doğru dönüştürülmesi ile oluşturur. 1 sefer çalıştırmanız yeterli olur. Sonrasında zaten Türkçe Rumuz eklentisi sessiz sedasız işini yapmaya devam eder.

Tabii ki sirket olarak gözükmeli. Aslında Joomla!'nın kendi yapısı onu şirket olarak gösteremez. Sizin kullandığınız başka bir eklenti var sanırım. Joomla!'nın kendi seosu dediğiniz için ona göre cevap vermiştim ben. Ş harfini ş olarak adres bastırmak için rumuzların ascii şeklinde dönüştürülmesi lazım, oysa 1.5 yapısı gereği bunu yalnızca latin karşılığına (ayrıca latin tabanlı olmayan dillerde tarih hash şeklinde) çevirebilir.

Ancak 1.6 serisinde Ş harfini ş olarak basmak mümkün. Yoksa siz 1.6 mı kullanıyorsunuz ? (dosyayı ve diğer eklentiyi 1.6 için hiç denemedim ama olmaması lazım)