Ana domaini tabiki etkiler ama bir sitede fazla link çıkışı olduğı için kesin olarak kötü yönde etkiliceğini söylemek doğru olmaz.

Başka bir pencereden bakmak gerekirse eğer oda şöyle.Örnek veriyorum eğer ana domain oyun sitesi ise siz sub domain oluşturarak bir toplist sitesi yaparsanız google sitenin amacını anlamakta zorlanır ve bir çok ustanın makalelerinde belirttiği tek bir hedef üzerine yoğunlaşın mantığından uzak kalmış olursunuz.Eğer ana klasörde bu tarza yakın bir içerikle ilgiliyse sorun olucağını sanmıyorum.