Bunca senelik joomlacıyız dosyalar ve klasörler standart değer olan dosya=644 klasör=755 olduğunda hiç bir sorun olmaz mühim olan sunucunuz ve yöneticiniz sağlam olsun yoksa chmodda bahanedir. Aslında sorununuz içinde yanıt verilmiş ilgili dosyayı silemiyorsanız bile o halde apache sahiplenmiş yani karşısına bakınca o dosyanın sahibi orada yazar bunu da ancak sunucu yöneticisi halledebilir