FTP programınız nedir?
FTP programı'nın site yöneticisi kısmına hızlı giriş için k.adı ve şifrenizi (ftp bilgilerinizi) kayıt ettiyseniz ordan zıplıyor virüs genelde.

Tavsiyem ve kurtuluş yöntemim:
Site dosyalarını tamamen temizleyin. Ardından zip'leyip; hosting kontrol panelinizden yükleyin. Orda zip dosyasını web sayfasınızın içerisine açtırın. Hepsi bu. Kesin çözüm.

Ardından PC'nizi GDATA Antivirüs 2010 ile taratın (30 günlük Full demo veriyor. Ve oldukça başarılı)