2. ve 3. probleme çözümü buldum arkadaşlar. 2. problemi çözmek için tweak setting alanından Use jailshell as the default shell for all new accounts and modified accounts seçeneğinin tick işaretini kaldırdım.

3. problemin çözümü için ise Apache mod_userdir Tweak alanından Enable mod_userdir Protection seçeneğinin tick işaretini kaldırdım. Geriye kaldı sadece ilk problem : )