Şimdi şöyle yapıyorum. Site'yi zipledim. Zip'li bir şekilde public_html içine atıyorum.
Filezilla dediğiniz gibi şifrelerim kayıtlı idi, kaldırdım. Normal olarak k.adı ve parola girerek yüklemeye başladım ve yüklüyor. Daha sonra Cpanel'den gidip zip dosyasını public_html içine açacağım. İşlem sonucunu burdan paylaşırım.
Hocam o şifreleri değiştirmeyi unutmayın, sonra sorun çıkabiliyor.