Öncelikle slm. 1200x çözünürlükte olanlarda boşluk var demişsin fakat 1200- olanlar için site tam bir işkence haline gelir. O boşluğu reklamla doldurmak yerine boyutları 100% olarak CSS ile verebilirsin. Böylelikle sorun ortadan kalar. Fakat reklam koymak istiyorum dersen CSS ile çok kolay bir şekilde yapabilirsin:

CSS Dosyana:

#kayan_reklam{position : fixed; _position : absolute; top : 0; _top : expression(eval(document.body.scrollTop));
    right: 0; margin : 0;

bu kodu ekle. ve body tagları arasına

<div id="kayan_reklam"> Bu kısma resim kodu, flash kodu vs. koyacaksın </div>

ekle istediğin olur sanırım.