Bence şunu yap.Phpmyadmine gir, veritabanını seç, dışarı aktar kısmından bütün tabloları seç, ve GO!.
Sağlıklı yöntemlerden birisi.
En sağlam yöntem bence ssh'dan manuel olarak yedek alman.
Büyük boyutlu bir db ye sahipsen geri yükleme yaparken daha hızlı ve etkili! )

Alıntı
Veritabanı normalinden çok büyük ise ssh ile çok kolay bi şekilde daha hızlı bir şekilde sorgulama yapabilirsiniz.
SSH komut satırına yazmanız gereken komutlar :
Veritabanını sorgulatmak için

mysql -u username -p db_adi < /yol/dosya.sql
password : *******

Komutu yazıp enterlediğinizde size veritabanının şifresini sorucak.Buraya veritabanı şifresini girip entere bastığınızda bi süre sonra UTF-8 Karakterinde sorgulama işlemi bitmiş olacaktır.
Eğer Sorgulamayı Latin1 de yapmak istiyorsanız

mysql –default-character-set=latin1 -f –verbose -u username -p dbadi < /yol/dosya.sql

yazıp yine veritabanı şifrenizi girip enterlediğinizde sorgu latin1 de yapılmış olacaktır.

Veritabanını yedeklemek için ise

mysqldump -u username -p db_adi > /yol/dosya.sql
password : *******

Komutu yazarak yedekleyebilirsiniz.