php de "max execution time" diye bir sınırlama var. Bu zaman php.ini de ayarlanıyor. Mesela bu değer 30 ise bir script 30 sn. den fazla çalışamaz. Yani büyük dosyalarda işlem uzun sürerse script max execution time hatası verebilir.
(guitarmix'in de belirttiği gibi)