kodu deneme şansın şu an yok ancak bu kod .com uzantılı olanları listeliyor ve siz de com haricindekilerin listelenmesini istiyorsanız

   <?php

$file = fopen('dom.txt', 'r');

$domains = array();
while ($row = fgets($file, 4096))
    $domains[] = $row;
fclose($file);

foreach ($domains as $domain)
{
    $domain = explode('.', $domain);
    if ($domain[1] != 'com')
        echo implode('.', $domain) . '<br />';
}

?>

şeklinde yapmanız isteğinizi gerçekleştirecektir.