normalde flash kodunuza <param name="wmode" value="transparent" /> eklemeniz gerekiyor. fakat Flashlar için Js kullanıyorsunuz. JS dosyanızı inceledim aklıma gelen şu.

params.bgcolor = "#ffffff"; kodunun altına

params.wmode = "transparent"; satırını eklemeniz. Umarım işinizi görür. Sorununuz Hallolur.