query_posts("cat=-3");

index.php while döngüsünden önce bir yere koyarsanız çalışır yalnız wp-pagenavi eklentisi bu şekilde kullanınca yalan oluyor.

       query_posts($query_string."cat=-3");

şeklinde kullanınca o sorunda aşılıyordu.

<?php if (have_posts()) : ?>

bu kodun yerine yazılıyor olmalı. denediğinizde çalışmazsa belirtin, yapmaya çalışayım.