mysql optimize yaptınız mı?

diğer bir seçenek olarak mysql için ayrı bir sunucu alıp o kullanılabilir,

deneyebileceğiniz bir diğer seçenek nginx i proxy modu ile kurup en azından statik dosyaların (css, js, jpg, gif vs.) apache üstündeki yükünü hafifletebilirsiniz.