Çıktı yanlış işte, çıktının boş olması gerekiyor. Tekrar açıklıyorum;

key_compare_func fonksiyonuna göre $a == $b ise return 0 olduğu için

ve

array_diff_uassoc fonksiyonuna göre bu fonksiyondan gelen return "0" olduğunda o verinin diziden çıkarılacağını ifade ettiği için

    $array1 = array("a" => "green", "b" => "Brown", "c" => "blue", 0 => "red"); 
    $array2 = array("a" => "green", "b" => "Brown", "c" => "blue", 0 => "red");

bu arrray'larda dizilerdeki tüm veriler aynı olduğu için hepsi $a == $b ye gelecektir ve 0 return dönecektir. Bu sebeple alayı diziden silinecektir. ve sonuç boş bir dizi olacaktir.

Yani ; İkimizin php'sinde de bug var bu fonksiyonda o yüzden yanliş cikti veriyor ve senin kavramanı engelliyor, bence kafa yorma yada bug ile ilgili php e bir patch yada upgrade yap fonksiyon düzelince kavraman kolaylaşacaktır.