mesela bütün checkboxların name'i aynı olacak ama şöyle name=id[] yani

<input type="checkbox" value="100" name="mesajid[]" />
<input type="checkbox" value="101" name="mesajid[]" />

daha sonra phpde bunu dizi olarak yakalayacaksın artık nasıl istersen ister foreach ile kontrol edersin ister başka yollarla

en iyisi örnek veriyim anlatamadım galiba

<input name="yorumid[]" type="checkbox" value="<?=$kayit['id'];?>" />

////////////////////

foreach	($_POST['yorumid'] as $yorumid) {
		mysql_query("DELETE FROM yorum WHERE id = $yorumid");
	}

ben yazarken cevap gelmiş zaten