Aynı sorun bende de vardı. Tam olarak çözmüş değilim.
Ama n'aptığım konusunda bilgi vereyim :

Kod sadece index'le başlayan ve .js'lerin tamamına bulaşıyor. VE sayfanın altına atıyor kendini... Bu tarzdaki tüm dosyaları editleyerek, atın. .JS'ler kendini bozmuş olabiliyor. Eski halleri varsa, orjinallerini atın.

VE Hitit'in dediği üzere FTP pass'larını değiştirin.

Tam çözüm olduğunu düşünüyorum. Bi'kaç gündür sorunsuz çalışıyoruz ama...
Problemin neden ve nasıl olduğu konusunu bilmiyorum.