Arkadaşım output kontrol ile yapılır, ama sağ kulağını soldan tutmak gibi olur, bu şekilde kullanımın yanlış, madem sen yazmışsın, düzeltmen lazım, Önce gerekli işlemleri yapıp, sonra yazdırmalısın.

Ama illa output ile yapacaksan, önce head kısmında belirleyici bir şey ekle :

<title>{{page_title}}</title>

veya boş bırak, o kısmı replace yap

<?php
ob_start();
include('head.php');
include('body.php');
include('footer.php'); 

$icerik = ob_get_clean();
$icerik = str_replace('{{page_title}}',$page_title, $icerik);
echo $icerik;

?>

Fakat bu şekilde yapınca o kısma kadar bütün içeriği önce buffera alıp sonra yazacağını unutma.