Header.php'de bu kodu bul;

<?php wp_list_pages('sort_column=menu_order&depth=1&title_li='); ?>

Aşağıdaki ile değiştir.

<?php wp_list_pages('sort_column=menu_order&depth=1&title_li=&exclude=3,5'); ?>

Kırmızı renkli olan rakamların yerine, görünmesini istemediğin sayfaların id numaralarını koyabilirsin. Sayfaların id'lerini nasıl öğreneceğim dersen de; admin panel -> sayfalar -> herhangi bir başlığın üzerinde cursor'u tutunca, status bar'da o sayfanın id'sini görebilirsin.