aynı sorunları bende yaşadım.
3 4 defa virus bulaştı kendi bilgisayarıma
fdisk attım,
sunucuyu yeniden kurdurdum,
tüm siteleri tek tek taradım indexx veya default uzantılı tüm sayfaları temizledim tekrar yükledim sorun kalmadı.

eğer çok bir internet siten yoksaki bende 100 tane var tek tek temizledim
+ uzun zaman sunucuda virus barındı ise sadece indexlerle kalmıyor veritabanı olan internet sitelerinn veritabanlarına bak ( açıkcası tüm sitelerdeki her sayfayı aç bak ) 3 4 saat zamanını alacaktır ama sağlam iş olacaktır.