chmodları 777 olan dosyalarınız varsa onlardaki izni kaldırın, bilgisayarınızda virüs varsa birde ftp programınız şifreleri kaydediyorsa siz ftp bağlanmasanız bile ordanda iframe atabilir.
Birde index.php dosyalarınızın chmodlarını değiştirin
chmod'u tekrarda açıyor, istediğiniz kadar yetkileri kaldırın