Aynı sorunu bende yaşadım ancak 1 yıldır diyeceğim uygulamalar sayesinde sorun yaşamadım:

Plesek panelinizden ayarlar/setup sekmesine girin PHP support kısmından: php versiyonun hemen yanında ISAPI extension seçeneğini seçin.

sitenizin admin panelinden kalıcı bağlantıları:

Özel:

/index.php/%postname%.html

şeklinde yapın....

Umarım çalışacaktır....Bu uygulamayı bütün subdomain ve alt klasörlerdeki wordpressler için uygulamanız gerekir....