CuteFTP kullanmayın onun cracklerinden oluyor genellikle.

by_karahan' ın dediklerini yapın. İframe tarzı virüs girdiyse tüm dosyalardan aynı anda temizleyen advanced replace tarzı yazılımlar var.

Ücretli SmartFTP 64bit kullanıyorum cuteftp den daha iyi diyebilirim, çok memnunum tavsiye ederim. FileZilla da idare eder.