Ben de yapılmayan ama yaşadığım için bildiğim bir öneri yapayım.

Iframe virüsü sadece index.php dosyasına yerleşmekle kalmaz, .js uzantılı javascript dosyalarının en sonuna da kendisini ekler ve o JS çalıştığı zaman index.php'ye kendisini yeniden ekler, tüm .js uzantılı dosyaları elden geçirmen gerekecek yani, yoksa diğer dosyları temizlersin, saatlerini verirsin ama o saniyeler içinde yeniden yazar hepsini...