hata bence şu alanda tüm php dosyalarını html e dönüştüren bi kod yazmışsın
yani (*).html $1.php, o tanım varken direk olarak çalışan başka php dosyan var mı peki merak ediyorum.

Bu şekilde tanımlamak yerine her php dosyasını kendine göre html e çevirirsen sorun düzelecektir ya da o demin ki 2 RewriteCond ları her rewriterule satırından önce tekrar edip denersen de çalışabilir.

RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)-sayfa-(.*).html$ sayfa.php?id=$2 [L,NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*).html $1.php [L,NC]

gibi...