Bir div e padding verirsen genişliği padding kadar artar
kodun şu hali düzgün çalışıyor
<style>
#genel
{
width: 1000px;
height: 600px;
background-color: #333333;
}

#ust
{
width: 990px;
height: 130px;
background-color: #666666;
}

.ust
{
padding: 5px 5px 5px 5px;
}

.leftBlock
{
width:170px;
height:200px;
background-color: #666666;
float:left;
margin-left:5px;
}

.centerBlock
{
width:640px;
height:200px;
background-color: #666666;
float:left;
margin-left:5px;
}

.rightBlock
{
width:170px;
height:200px;
background-color: #666666;
float:left;
margin-left:5px;
}
</style>