IE'yi güncellediniz mi? Kaç kullanıyorsunuz? Eski sürümlerinde bazı sorunlar çıkabilir. Örneğin transparan bir arkaplanı beyaza dönük bir renk yapması gibi.
IE güncellemek kişiye özel çözümdür, tasarım yapan adam kendini değil kullanıcak olanları düşünmek zorunda.
Konuya gelincede select elemanına css ile tam olarak müdehale edemezsin javascript kullanman gerekiyor.