RewriteRule ^emlak(.*)-(.*)-(.*).html$ emlak.php?s=$1&il=$2&ilisim=$3 [L,NC]

RewriteRule ^emlak(.*)-(.*)-(.*).html$ emlak.php?s=$1&id=$2&baslik=$3 [L,NC]

bu iki kural birbirinin aynısı, mecburen ^emlak(.*)-(.*)-(.*).html$ kısmına ayırt edici birşey eklemeniz lazım. örneğin ^emlak-(.*)-(.*)-(.*).html$ yada ^emlak1(.*)-(.*)-(.*).html$

Bu şekilde birbirinin aynı çalıştıramazsınız.