bence dll olayları hikay değil. projenizi derleyip çıkan dll dosyalarını çeşitli şifreleme programramlarıyla şifrelemeniz, web.config içerisinde connectionstring bulundurmamanız sizin için güvenli olacaktır.

projenizin tamamını sunucuya atmanız size değişiklik imkanı sağlayacaktır fakat w*rez tehlikesi var.

üşenmeden siteyi elle güncellemek ve projeyi derleyip çıkan dll leri şifrelemek güvenliğiniz için iyi olacaktır.