En basit olarak içiçe 2 döngü ile yapabilirsin:

<?php
$metin = 'eybenim fahri cihanım müziksiz ilahi hasan kılıçatan [HQ]';
$say = substr_count($metin,' ');
$dizi = explode(' ',$metin);
$s=0;
for($i=0;$i<$say;$i++){ 
  foreach($dizi as $m){
    echo $m.' ';
    $s++;
    if($s==$i+1){
      echo ', ';
      $s=0;    
    }  
  }
  $s=0;
  echo '<br />';     
}
?>