Eğer dosyaları upload edip FLV olarak export ettirmek istiyorsan arada bir encoder server kurman gerekiyor ve buna göre custom web application geliştirmen gerekiyor. Bu da minimum VPS seviyesinde hizmet almanızı gerektirir ki VPS'in bu işi kaldırabileceğini pek sanmıyorum. Yüksek kaynak tüketimi gerektirmektedir.

FLV dosyalarını oynatmak için free olarak JW player'ı kullanabilirsin
http://www.longtailvideo.com/players/jw-flv-player/

iyi çalışmalar.