döngünün dışında echo yapıyorsun da ondan. bu arada php kod bbcodeunu kullansanız kodlar daha rahat anlaşılır :s

<?php
include("connect.php");
$cek=mysql_query("SELECT * FROM mesaj");
while($al=mysql_fetch_array($cek))
{
$id=$al['id'];
$ad=$al['ad'];
echo $ad."<a href=sil.php?id=$id> Sil</a><br />\n";
}

?>