Aradığın bu sanırım;
$sutunsay == 2 kısmına 3 yazarsan 3 sütun şeklinde sıralar.
<table width="100%">
<tr>
<?
$sutunsay = 0;
$a=mysql_query("Select * from tabloadi order by id");
while ($as=mysql_fetch_array($a)) {
if ($sutunsay == 2) {
$sutunsay = 0;
printf("</tr><tr>");
}
?>
<td><a href="http://www.siteadi.com/index.php?id=<?=$as[id];?>"><?=$as[baslik];?></a></td>
<?
$sutunsay++;
} ?>
</tr>
</table>