cPanel'e ticket açıp sormayı denediniz mi ?
sorarsanız hiçbir servisiniz bu yaptıklarınızdan etkilenmez. çünkü ben ticket açıp sordum neden /cpanel - /whm kısayolları cgi-perl-ln yi kapattığımda açılmıyor diye. herşeyin vardır çözümü fakat fake symlink'i %100 engelleyebilmek için şu yapılabilir Config Server'ın yazdığı tarama proğramı gibi birşey yazabilirsiniz. htaccess 'in içine yazılarak izin verilen zararlı kodları veya shell'leri sunucuya atmaya çalıştıklarında atamazlar.
Buna benzer bir uygulamayı biz Tarık Öğüt ile herkesin başında olan iframe sorununda yaptık ve çözüme kavuşturduk.
cPanel'in bu konuda yardımcı olacağını pek sanmıyorum açıkcası. Perl' i geri açın diyecektir öyle zannediyorum ama yinede şansımı denerim

Dediğiniz gibi bende Config Server tarama programını düşünüyorum zaten şimdilik bundan daha iyi bir yol gözükmüyor. Teşekkürler ilgilendiğiniz için.