Bir çok sebebi olabilir, deneme yanılma yoluyla tespit edebilirsiniz,

Hosting şirketinizin sunucularında açık olabilir, sunucudaki diğer sitelere bakın onlara da index atılıyor mu diye
Bilgisayarınızda virüs,trojan bulaşmış olabilir.Bu şekilde admin ve ftp şifrelerinizi 3. şahıslar ele geçirmiş olabilir
Eklentileri kapatmışsınız fakat kullandığınız temada açık olabilir
v.s v.s uzar gider bu liste