hocam sorun muhtemelen şundan kaynaklanıyor, formdan gelen verileri alt alta listeliyorsun ama enter ile alt satıra geçtiğinde sadece \n ile ayırmıyor \r de kullanılıyor ondan sana trim kullanmanı önermiştim. bir şu şekilde deneyelim eğer yine aynı sorun olursa hatanın burda olmadığını anlarız en azından.

@$site = split("\r\n", $site2); olan kısmı şununla değiştirin.

$site2 = str_replace("\n","#",$site2);
$site2 = str_replace("\r","#",$site2);
$site2 = str_replace("\t","#",$site2);
$site2 = str_replace(" ","#",$site2);
$site2 = rtrim($site2, "#");
$site2 = preg_replace('@##*@', '#',$site2);
@$site = explode('#',$site2);