Bu durum bazı Windows sunucularda yaşanıyor. WordPress'in bir hatası mı tam olarak bilmiyorum, fakat şöyle bir çözüm önerilmiş, WordPress.org forumlarında:

wp-includes/link-template.php dosyasını açın.

return $qstr;

kodundan hemen önce şu kodu ekleyin:

$qstr = str_replace("index.phpIndex.php","index.php",$qstr );

link-template.php dosyasını ftp'den tekrar gönderin.