e hocam zaten sen bunu linuxdada calistirmak istiosan DIR komutu yerine LS komutu girmen gerekio mesela

Shellerdeki gibi istiyorsan, zaten kesinlikle readdir kullanmalisin.
hem dongu sirasinda istedigin bilgisini alirsin dosyanin vs. istedigin baska fonksiyonuda kullanirsin, boyle bitek string dokmeyle olmaz o istedigin.

chmodunu flnda alirsin istedigin dosyanin problem yok.
fileperms() fonksiyonu ile alirsin. bknz: http://www.php.net/manual/en/function.fileperms.php