sadece index.php dosyları değişmişse (her dizinde) Büyük ihtimal root yemişsiniz. Yani bütün sitelere basılmış sitedeki. Joomla Wordpress gibi sistemlerde açık yokturç büyük ihtimal sunucuda açık bulunmaktadır. Siteler çok önemliyse başak bir hosting firmasına geçmenizi tavsiye ediyorum. Yok içerdeki param yanmasın diyorsan Hostnigcinin peşinden koşucaksın...