nano /etc/php.d/ioncube.ini

içine

Linux Centos 32 bit için
zend_extension = /usr/local/lib/php/ioncube_loader_lin_5.2.so
zend_extension_ts = /usr/local/lib/php/ioncube_loader_fre_5.2_ts.so

Linux Centos 64 bit için
zend_extension = /usr/local/lib64/php/ioncube_loader_lin_5.2.so
zend_extension_ts = /usr/local/lib64/php/ioncube_loader_fre_5.2_ts.so

yazıp php -m yazın eğer ioncube çalışırsa olay tamamdır.