extension_dir = "./"
zend_extension = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_lin_5.2.so
zend_extension_ts = /usr/local/ioncube/ioncube_loader_fre_5.2_ts.so

Kodu php.ini de aratıp yukarıdaki olacak yere eklermisin yani extension_dir = "./" ifadesinin tam altına sonra tekrar restart et ve dene bakalım.