Merhaba, kısaca mantığını anlatayım hemen çözeceksin zaten..

Birden fazla input file olucak..

<input name="file[]" type="file" />
<input name="file[]" type="file" />
<input name="file[]" type="file" />

Burada dikkat etmen gereken name bölümleri "file[]" yaptık.. Bunun anlamı dizi(array) e al demek böylelikle her bir file da bir değer atamış olduk..

Post işlemimizden sonra nasıl geldiklerini kontrol edelim istersen..

for ($x=0;$x<=count($_FILES['file']);$x++) {
  echo $_FILES['file'][$x]['type'].'<br>';
}

Burada dikkat etmen gereken $x değişkeni.. Döngüyle bunları hepsini çağırdık. Burada geriye kalan sen upload işlemlerini yapman..

Kısaca anlatmaya çalıştım umarım yararlı olmuşumdur