Şöyle yapabilirsin site.com/sitemap.xml bu sayfayı anasayfaya yönlendirip başka bir isimde sitemap oluşturursun yada şunu tavsiye ederim, sitemap.xml sayfasını webmaster tools'tan kaldır, başka bir isimde sitemap oluşturup yolla google'a.
Hiç bir işlem yapmadan sitemap.xml linkini webmaster tools'tan kaldırsanda bi' sorun problemi olacağını sanmıyorum.