Ben karşılaştırdım ve karar verdim. Merak eden arkadaşlar için sonucu yazayım, FOPEN'i tercih edeceğim.
Aynı anda 100.000 sorguda 20 KB'lık SQL ve 42 KB'lık FOPEN sorgu ve değişkene atılma hızları:

SQL cevap hızı: 18.339 sn
Fopen cevap hızı: 3.290 sn