Dediğiniz kodu kullandım çok sağolun,

Ckeditor isminde hazır ediyor kullanıyorum ve popup ile açılan yerde inputbox'ta bir link var onu Ckeditor içerisine yazdıramaıdm.

CKedito olduğu (pop-up ile açılan sayfadan bilgi textarea içerisne yazdırmak istiyor idim)

<h4>İçerik Ekleme</h4>
<form id="icerik" name="icerik" method="post" action="icerik_kontrol.php">
  <table width="100%" border="0" bordercolor="c1c1c1">
  <tr>
    <td valign="baseline"><span class="style1"><span class="style2">Başlık:</span><br />
    </span>
      <input name="icerikbaslik" type="text" size="100" maxlength="200" /></td>
    </tr>
  <tr>
    <td valign="top"><span class="style2">Metin:</span><br />
      <label>
      <textarea class="ckeditor" cols="40" id="editor1" name="editor1" rows="10"></textarea>
      </label></td>
    </tr>
  <tr>
    <td valign="top">
    <label></label>
	<label></label> <label>
        <input type="checkbox" onClick="disBut(this.form)" />
    </label>
	<label>
         <input name="Submit" type="submit" class="formbutton" value="   Gönder   " disabled="disabled" />
         <input type="button" name="Submit2" class="formbutton" value="Resim Yükle" onClick="openPopup('./dosya/yukle.php')" />
		 <input type="button" name="Submit3" class="formbutton" value="  Linkler   " onClick="openPopupurl('./link_listele.php')" />
	</label></td>
    </tr>
</table>
</form>

Popup sayfadaki kod:

 echo ' <tr>
    <td widtd="250" scope="col"><strong>'.$l_bslk.'</strong></td>
    <td widtd="250" scope="col"><strong><form name="popupForm" onSubmit="return copyForm()">
<input name="girilecek" type="text" value="&lt;a href=&quot;./link_detay.php?lnkid='.$l_id.'&quot;&gt;'.$l_bslk.'&lt;/a&gt;" disabled="disabled" style="width:400px;"/>&nbsp;&nbsp;<input type="button" value="Ekle" onClick="copyForm()">
</form></td>
	</tr>';

Popup ile açtığım yerdeki link'i CKeditor içerisine yazdıramadım

Konuyla ilgilendiğiniz için şimdiden çok teşekkürler...