jquery kodlarını tam incelemedim ama jquery hakkında bilgin varsa zor olmayacaktır.

jquery ile ajax kullanma mantığı zaten. yani ajaxta callback olayına, yani işlem yaptırdığın sayfanın (sende php upload sayfası) geri döndürdüğü değere göre farklı fonksiyonlar atayabilir veya geri dönüş neticesini html olarak yazdırabilirsin.

misal; ordaki kodlarda success fonksiyonuna file diye bi değişken atamış, ayrıca file.name var. sen ister bunlardan birine ajax return neyse, yani sayfanın geri döndürdüğü değer neyse, direk olarak onu yazdırıp, default olan dosya ismini değiştirebilirsin.

not: jquery biraz biliyosan dediğimi anlamışsındır, bu yazdıklarımı, filename değişkenini (veya sabitini ) swf dosyasının yönetmediğini farz ederek yazıyorum. yani swf upload filename değiştirmeye js ile izin vermiyorsa, yani flash dosyasındaki as ile yapıyorsa sadece mümkün olmayabilir ama zannedersem, kodlardan yönetiliyor.

yapamazsan, ben kodları kurcalayıp bakarım senin için.
ayrıca senin yapmak istediğin sanırım sadece kullanıcının görselliği için. yani, php upload dosyan zaten replace ile adını değiştirip kaydediyorsa, herhangi bi tr karakter sorunun olmaz, kullanıcının gördüğü oradaki isim dosyası makyajlı olur sadece.

veya, swf buna izin vermezse, başka bir fikir:
swf upload ve netice diye içiçe iki dive koy. (daha doğrusu, aynı konumda iki div, veya iki span vs..).
netice visibility değerlerini hidden yap.
dosya yüklendikten sonra swf upload visibility hidden yap, netice visibility hidden değiştirip visible (veya block) yap.

yani yüklerken neticeyi gösterme, yükledikten sonra upload kısmını gösterme.
netice içine php ile dönen dosya adını, yani tr olan adı yazdır.