plugins kısmına koymak için /usr/local/cpanel/whostmgr/docroot/cgi/ klasörüne koymanız gerekir. Örnek olması için klasör içindeki dosyaları inceleyebilirsiniz.
Software/Services kısmına ekleme yapılabileceğini sanmıyorum.
Arkadaşın dediği gibi plugins kısmına yaptığınız scripti koyun, ardından ;
/usr/local/cpanel/whostmgr/docroot/themes/x
dizininden istediğiniz bölüm veya altsayfalara ekleme yapabilirsiniz.Tümü html dir zaten.