Senin sorununu çözecek olan şey şudur.Sayfanın dil kodlaması nasılsa öyle kalsın
js dosyasını çağırırken

<script src="js_dosyasi_ismi.js" type="text/javascript" charset="utf-8"></script>

şeklinde çağır hiç bir sorunun kalmaz.

Not: hala sorun varsa notepad++ tan dosya yapısını utf-8 e dönüştür(dönüşmüş olduğudan emin ol)