Godady kullanmadım hocam(?)
Ama domain panelinden name server oluşturman lazım(ns1,ns2) sonra vps aldığın yerin cpaneline girip simple dns zone editor diye bi bölüm olması lazım oraya girip ns1.siteismi diye yazıp add zone ye tıklıyosun ns2 yide bu şekilde sonra godady domain paneline girip ns kısmına ns1.siteismi ns2.siteismi şeklinde yazarsan problem kalmaz.