ftp yi sadece sildiğini belirtmişsiniz. şifreleri değiştirmek aklınıza geldimi? şifrelerinizide değiştirdiyseniz ozaman scriptinizde remote include açığı olabilir. bunun dışında sunucuda başka bir site hostunda bulunan shell dosya ile sizin dizine geçmiş olabilirler. şifreleri değiştirdiyseniz ve scriptinizde acık olmadığından eminseniz sunucu güvenliği ile ilgili bir durum olabilir.