for ($i=0;$i<=count($item_id);$i++)   
{  
      $query = mysql_query("UPDATE item SET worker_id = '".$worker[$i]."', item_done = '".$work_done[$i]."' WHERE item_id = '".$item_id[$i]."' ") or die(mysql_error()); 
         

    $query = mysql_query("UPDATE orderr SET order_ready = '".$work_done[$i]."' WHERE order_id = '".$order_id."' ") or die(mysql_error());          
        
}

$work_done[$i] değeri Yes ya da No geliyor zaten bunu kontrol etmemize gerek yok.

$work_done[$i++] yaparsanız 2 defa arttırmış olursunz for cumleciğinde zaten $i++ var.